将螺母内置与电机中，丝杆可穿过电机作线性运动。该设计中丝杆需限制转动以产生线性运动。

贯通轴(丝杆贯穿)电机通常的应用行程是30-200mm，对比外部驱动轴式电机，贯通轴电机的优势是允许更大的安装同轴度误差。线性模组的丝杆和螺母如果与导轨平行度不好，会导致系统问题产生，尽管螺母允许一定径向间隙，但对于整个模组来说，是不够的;贯通轴式电机的螺母径向间隙可以允许丝杆的倾斜度1゜以内，可以容忍更大的系统误差。

另一个只有贯通轴电机能实现的应用是将电机作为滑动部件，与导轨滑块连接，丝杆两端固定。该应用的一个优点是丝杆不做旋转转动，因此没有临界速度的限制;第二个优点是在同一根丝杆上可安装多个电机，电机不能互相“通过”，但是其运动是互相独立的。贯通轴式电机的优势是允许系统有一定的安装不同心，但它不仅仅适用于安装误差稍大的应用，同时也适用于诸如活塞泵这样的精确定位和安装的应用。螺杆自定心的设计可使其随导向适应不同心的安装，也可以避免对活塞密封件产生侧向力。

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